造成小脑萎缩的原因可以非常多，小时候出生时外伤，会造成小脑萎缩。遗传性因素，如遗传性共济失调，表现为脊髓小脑萎缩。还有就是年纪大了以后，出现退行性疾病，表现为小脑萎缩、脑干萎缩，会表现为共济失调，还有吞咽困难、饮水呛咳等。
还有些像大脑缺血缺氧，引起大血管硬化，以及高血压、糖尿病等因素引起小脑萎缩。炎症性因素，像小脑发炎、自身免疫性炎症等，都会造成小脑萎缩，出现小脑症状。还有些小脑萎缩与外伤有关系，外伤以后也会导致小脑萎缩。
小脑萎缩不会导致肌肉萎缩，肌肉萎缩在无法运动的情况下才会出现。只要身体还可以动就不会引起肌肉萎缩，但是小脑萎缩在后期严重的时候可以导致肌肉废用性萎缩。
什么是肌肉废用性萎缩?废用性肌肉萎缩一般是指各种疾病，例如如瘫痪、心脑血管疾病、肌肉拉伤等引起的，或因治疗措施，例如如骨折固定等要求下，患者在长时间的卧床、固定、制动之后出现的肌肉萎缩、肌力下降等情况。废用性肌肉萎缩主要表现为肌肉质量下降、体积减小、纤维横截面积减小、肌纤维类型发生改变、以及肌肉力量、肌肉神经功能和抗疲劳能力下降等，其本质是由于与肌纤维相关的蛋白质合成减弱和蛋白质降解增强导致的。多数废用性的肌肉萎缩在消除废用性的诱因及配合营养和运动治疗后，肌萎缩的症状是可以逆转和改善的
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