多系统萎缩会导致一系列自主神经症状，如体位性低血压、性功能下降、持续低烧、睡眠喊叫、动作缓慢、便秘、尿失禁、脾气暴躁等。以下是多系统萎缩引起的自主神经症状的详细了解。
在特发性直立性低血压中，自主神经衰竭引起直立性低血压、阳痿、尿潴留、大便失禁、出汗减少、虹膜萎缩和眼睛眼泪和唾液的减少。静脉注射酪胺不会引起血压升高反应，对去甲肾上腺素的注射超敏感，表明有周围性失神经支配。
(1)中年起病，男性较多，发病隐袭，进展缓慢。站立时卧位血压正常，收缩压降低20～40毫米以上。一般无心率变化和晕厥的常见前兆，如面色苍白、冷汗、恶心等。早期症状轻、直头晕、眼花、下肢发软，严重者眩晕、体位不稳，严重者直接晕厥，需长时间卧床。
(2)可见其他自主神经功能损伤，如性功能减退、阳痿、便秘或顽固性腹泻、尿失禁或尿潴留、局部或全身无汗或出汗不对称、体表温度异常等。颈交感神经麻痹可引起瞳孔不等大、眼睑下垂、虹膜萎缩和艾伦征；分心经背核受损会导致声音嘶哑、吞咽困难和心跳骤停。
(3)部分患者出现四肢肌肉强直、运动减少、运动缓慢等小脑症状；眼球震颤、构音困难、共济失调等小脑症状；椎体系损伤，如病理征和假性球麻痹。少数患者有脑神经和下运动神经元损伤，如肌肉萎缩，可见漠不关心、抑郁等精神障碍。
（4）肛门括约肌电图多系统萎缩患者可呈神经源性变化。