近亲繁殖会导致后代患遗传病和生理缺陷的概率大大增加，病秧子无法适应正常环境，很快会被淘汰。
可别以为只有人类才有近亲结婚这种说法，动物也会因为近亲繁殖患上各种疾病，英国BBC曾出品过一部纪录片《纯种狗的悲哀》，曝光了个别育犬协会为了利益，将有亲缘关系的狗狗进行交配，经过几代繁殖，后代的血统变得纯正，然后高价卖给不明就里的狗主人，许多狗主人甚至引以为傲，拿自家的纯种犬和证书炫耀。
要知道，培育出纯种犬的简便方式就是近亲繁殖，这样可以节省一笔基因检测费用，因为后代的基因和父母的基因相似度一定不会低。利用近亲繁殖培育出的纯种犬会和人类一样患上各种遗传病，最著名的就是查理士王小猎犬。
多年前的查理士王小猎犬俱乐部，就是为了消磨英国富人们的闲暇时光成立的，这个俱乐部中狗的近亲交配成了常态，导致现在英国的查理士王小猎犬有30%的概率患上一种可怕的脊髓空洞症。
这种病就是头部骨骼太小，挤压了大脑的神经系统，发病时狗的身体会失去平衡感，歪着脑袋乱窜。严重时会在地上打滚发出凄惨的叫声，大脑持续性挤压产生的痛感，就像是架在火上烤一样。这种疾病是身体物理结构上的问题，无法通过吃药解决，只有开颅手术削去部分头骨才能缓解，但这种手术成功率只有20%左右，将来还有复发的可能，许多狗主人最后都会选择将狗狗安乐死。
要说遗传病谁最多，斗牛犬认第二，没狗敢认第一，法国斗牛犬是人为培育出来的品种，它的遗传病多到被遗传学家研究。
最常见的就是脊椎发育畸形，腰椎脊髓的前半段如果出现问题，会引起膀胱排尿障碍，法斗48小时没尿就可能因尿*症死亡；法斗的盆骨狭小，产道紧，很难自然分娩，需要在人的协助下进行剖腹产；法斗短鼻扁脸呼吸道短小，天生身体缺陷，稍微运动一会就气喘吁吁，睡觉时经常会打呼噜，伴有不同程度的呼吸困难症状；鼻子太短散热能力差，不能剧烈运动，容易中暑等都是近亲繁殖的恶果，而这一切都源于多年前的法国，法国人为了培育出自己喜欢的犬类，将英国斗牛犬和巴哥犬进行交配，然后将产生的后代进行近亲繁殖，才出现的法斗犬。
有色法斗犬已被许多育犬协会禁止繁殖，因为这类法斗犬有很大概率患上免疫缺陷疾病，双耳容易失聪，皮肤疾病和食物过敏，整条狗就是一个药罐子。
金毛算是人们最常饲养的犬类之一，一些身价上万元的纯种金毛犬非常容易患髋关节发育不全症，简称CHD。症状是狗狗肌肉萎缩，起身站立困难，走路时后腿摇摆不定，这给金毛造成很大的心理阴影，原本活泼好动的狗现在整天躺着，髋关节还会有疼痛感，只有手术能根治。
犬类选美比赛在许多国家都有举办，为了从平凡中脱颖而出，一些狗狗甚至被培育成了畸形品种。
这条京巴犬是3年克鲁夫茨犬类选美比赛冠*，它需要依靠药物维持自己的生命，面部褶皱和天生短小的呼吸道，压迫了空气流通的空间，通过手术切除部分鼻腔组织才让呼吸稍微顺畅一些。整条狗也被包裹地像一个巨大的粽子，运动后需要坐在冰块上散热。
遗传学家发现，在英国上万只血统纯正的京巴犬，它们的基因可能来源于最初的50条京巴犬，也就是说近亲繁殖现象泛滥，导致现在的京巴犬一身缺陷。
诸如此类的纯种犬，数不胜数，人为干预犬类繁殖，对狗狗来说是一场噩梦。
牛头梗和哈士奇杂交本质上来说，近亲繁殖都是基因在作祟，每个个体都会存在隐性的有害基因，通常情况下它们可能是健康的Aa携带者。如果近亲配对，基因的相似度就会非常高，很可能是两个Aa的个体产生了aa的后代，这个后代就会表现出有害性状。在人类中，这种单基因遗传病目前已经发现了多种，每年都在以20个左右速度递增，最常见的就是红绿色盲和白化病。
从种群上来说，基因库的多样性有利于适应复杂的环境，容易进化出生存能力强的个体，而生物之间近亲繁殖相当于基因在不断纯化，基因的种类在变少，基因库会变得单一，环境突变容易遭到灭顶之灾。